La première ébauche de la future ville de Padoue se forma autour du douzième siècle dans une anse profonde du Medoacus, l’ancien Brenta. Depuis lors, l’histoire de Padoue et du territoire environnant a toujours été marqué par les eaux.
Au premier siècle ap. J.-Ch. déjà, le fameux historien Tite Live rendait hommage aux qualités de navigateurs des anciens Padouans en décrivant leur glorieuse victoire sur la flotte du roi spartiate Cléonyme en 302 av. J.-Ch.. Dès lors, le transport fluvial n’a cessé de s’intensifier jusqu’à la construction du grand port à l’époque romaine.
Selon Strabon, célèbre géographe grec, Padoue dépassait par son importance toutes les autres villes de la région et la quantité de marchandises qui en partaient à destination des marchés de Rome confirmait la présence d’une population industrieuse et florissante. Après la crise provoquée par les invasions barbares et le déclin général de la région, ce sont les eaux qui, une fois encore, ont permis à la ville de se rétablir.
Après l’an mille, les cours d’eau ont en effet assumé une importance stratégique croissante, véritable enjeu des luttes pour la suprématie territoriale. Leur rôle était fondamental non seulement comme source de subsistance de la population mais aussi comme ressource économique et voie de communication. Pendant l’époque des communes ainsi que pendant la seigneurie des Da Carrara et la domination vénitienne, les interventions destinées à contrôler et à exploiter les eaux de la Province ont conduit à la réalisation d’un maillage dense de canaux artificiels navigables. Ce réseau reliait Padoue à la campagne environnante et à toutes les villes vénitiennes pour déboucher dans la lagune de Venise et sur la mer, alors principaux comptoirs d’échanges commerciaux. Pendant les quatre siècles de domination de la République sérénissime, grains, produits agricoles, bois, marbre, pierre calcaire des Collines de Vicence et la précieuse trachyte des Collines euganéennes étaient convoyés depuis l’intérieur des terres jusqu’à Venise par les eaux. C’est à cette même époque que remontent les magnifiques villas qui ornent aujourd’hui encore le rives des fleuves navigables et les Collines euganéennes. Les riches patriciens vénitiens se rendaient dans leurs demeures grâce aux fleuves et canaux, notamment le long du Brenta et du Piovego, et l’on croisait sur les voies fluviales toute sorte d’embarcations, radeaux de troncs, péottes, barques, gondoles, sandoli et bachots padouans. Le Bacchiglione, antique voie fluviale entre Vicence et Padoue, est aujourd’hui encore la principale source d’eau de la ville qui vivait et vit aujourd’hui encore des eaux qui entrent par le Sud et coulent le long des remparts du seizième jusqu’au château médiéval avant de se diviser en Tronco Maestro et Naviglio Interno pour encercler la partie ancienne de la cité. Un programme de restauration des cours d’eau et de réouverture des anciens bassins de navigation a été lancé ces dernières années pour permettre de reprendre la navigation le long des anciennes voies d’eau, comme le parcours fluvial le long des remparts et des bastions ou encore le long de la rivière Euganea au cœur d’un paysage naturel enchanteur.